Podíamos hablar de Villanúa como una localidad prehistórica. De hecho, sus cuevas sirvieron para albergar a los hombres del neolítico y eneolítico (3.000 a.C.), que emplearon estas cuevas como sepultura de carácter colectivo.

Gracias a las investigaciones de historiadores y arqueólogos, hoy sabemos que el uso sepulcral se extendió hasta la Edad de Bronce (1.800-1.000 a.C.) y que también en épocas del tardorromano estas cavidades tuvieron su función.

En la localidad también se han hallado restos romanos, que se asocian al paso de la Vía del Summo Porto por el municipio, cuyo trazado coincide, además, con el itinerario del Camino de Santiago. Para defender la vía romana de la incursión de enemigos procedentes de la vertiente norte, entre los siglos VII y VIII se creó el Señorío de Aruej. Las primeras noticias de esta aldea aparece en las Crónicas visigodas de Toledo y de ella dependen todas las tierras del entorno hasta el siglo XII. Sin embargo, excavaciones más recientes refuerzan la idea de que en la Edad de Bronce las cuevas fueron también un hábitat humano. Los restos encontrados, cerámicas de almacenaje y de uso diario y, sobre todo, el excepcional fragmento de molino de cereal, hacen pensar en que las cuevas fueron empleadas para pasar largas temporadas de vida.

La primera noticia histórica sobre Villanúa está recogida en el Cartulario de Santa Cruz de la Serós, el 26 de marzo de 992. Ya existe el actual núcleo y se da noticia de la repoblación con habitantes bearneses que registró la localidad, en el siglo IX. Actualmente, todavía quedan apellidos de origen francés entre los vecinos.

La denominación de Villanúa no quedó fijada hasta el siglo XIII. Previamente, la localidad se llamó Vilanúa, Villanuga, Villa Nuga, Villanova, Villa Nova, Billanúa, Villa Nueva o Villanoa. Denominaciones todas ellas que hacían referencia a la situación de la Villa Nueva enfrente del Señorío de Aruej. O lo que es lo mismo, los hombres libres, con tierras y derechos reconocidos por la Corona, frente al Señor de Aruej. Entre lo habitantes de Villanúa, el Rey de Aragón nombró once infanzones.

Pero Villanúa no sólo tuvo sus propias tierras, sino que además de este municipio dependieron numerosas aldeas y pardinas que surgieron en sus inmediaciones. San Juan, Pierde o Santiago son algunos de los núcleos que hasta el siglo XIV dependieron de Villanúa y que se despoblaron con la crisis del siglo pasado.

A principios del siglo XX, Villanúa alcanzó su máxima población, superando el millar de habitantes. Dos hechos explican este incremento poblacional. Por un lado, hay que destacar que los primeros años de 1900 coincidió con el máximo desarrollo de la actividad agropecuaria y, por otro y más importante, con las obras del ferrocarril del Canfranc.

Sin embargo, el mayor cambio se produjo en la década de los 70. La población apostó por el desarrollo turístico, tomando como base los recursos naturales de la propia localidad y la cercanía con Jaca y las dos estaciones de esquí del valle, Astún y Candanchú. Actualmente, el turismo sigue siendo la principal fuente de riqueza de Villanúa. Un turismo que muestra la riqueza arqueológica, histórica y natural que le rodea, y que pone el énfasis en la recuperación de las tradiciones y de las costumbres que marcaron la vida de una localidad punto de encuentro de personas, de aficiones y de paisajes.